Latar belakang penelitian ini berangkat dari kegelisahan peneliti terkait minimnya pendidikan pada anak autis serta kurangnya kualitas pendidikan yang diberikan anak berkebutuhan khusus, serta beberapa kasus dalam dunia pendidikan, khususnya Pendidikan Agama Islam yang diberikan kepada anak-anak berkebutuhan khusus di Indonesia, tentang proses pelaksanaan, solusi yang diberikan dalam penanganan anak berkebutuhan khusus dalam menyampaikan Pendidikan Agama Islam dan hambatan atau faktor yang berpengaruh dalam mengimplementaskannya pada anak-anak luar biasa. Termasuk mengetahui persamaan pendidikan dalam rangka kesetaraan hak menerima pendidikan untuk anak-anak di Indonesia. Dalam hal ini keinginan peneliti terkait keadaan pelaksanaan anak-anak abnormal. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui bagaimana proses pembelajaran dan penerapan Pendidikan A,gama Islam Pada Santri Autis di Pondok Pesantren Ainul Yakin Gunungkidul Yogyakarta. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan dan metode yang digunakan adalah metode deskriptif kualitatif serta pendekatan psikologis abnormal, dengan metode pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara dan dokumentasi. Sedangkan metode analisis data menggunakan pengelompokan data dan melakukan perhitungan untuk menjawab rumusan masalah, dan melakukan perhitungan untuk menguji hipotesis yang telah diajukan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa; 1) Pelaksanaan Pendidikan Agama Islam pada santri autis di Pondok Pesantren Ainul Yakin Gunungkidul, dengan cara mengadakan kegiatan ibadah-ibadah yang bersifat wajib dan sunnah secara berjama’ah dengan maksud mendidik, sejak bangun tidur sampai tidur lagi, 2) Tata cara penerapan atau pengimplementasian nilainilai pendidikan agama Islam di pondok pesantren Ainul Yakin Gunungkidul pada santri autis melalui kegiatan-kegiatan yang didampingi dan diarahkan secara langsung oleh para pembimbing santri sehingga apa yang diharapkan oleh pondok bisa terlaksana, 3) Faktor pendukungnya adalah adnaya program yang tersusun dan terkordinir oleh setiap pembimbing dalam setiap waktunya, controling anak yang bersifat continue di setiap waktunya secara langsung, dan dukungan masyarakat sekitar dalam menjalankan kegiatan pondok pesantren. Sedangkan faktor penghambat dalam pengimplemnetasian program tersebut adalah kesulitannya mengatur dan mengarahkan anak-anak santri dalam melaksanakan kegitan, sehingga perlu pengawasan dan pembimbingan secara ekstra.