Organisasi IPNU-IPPNU merupakan organisasi keagamaan yang bergerak pada bidang keterpelajaran di bawah naungan organisasi Nahdlatul Ulama. IPNUIPPNU berada di tingkatan desa, kecamatan, kabupaten, hingga tingkat nasional. Namun, ada juga organisasi IPNU-IPPNU di sekolah dan pondok pesantren salah satunya di MA Nurul Islam Karangjati Sampang. Berorganisasi bagi peserta didik memiliki nilai positif dan negatif terhadap prestasi belajarnya. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk: (1) mengetahui ada tidaknya hubungan yang positif dan signifikan antara organisasi melalui IPNU-IPPNU terhadap prestasi belajar PAI peserta didik MA Nurul Islam Karangjati Sampang, (2) mengetahui besarnya pengaruh keaktifan berorganisasi melalui IPNU-IPPNU terhadap prestasi belajar PAI peserta didik MA Nurul Islam Karangjati Sampang. Penelitian ini menggunakan penelitian kuantitatif dengan dua variabel yaitu variabel keaktifan berorganisasi (X) dan variabel prestasi belajar (Y). Subyek dalam penelitian ini peserta didik kelas X, XI, dan XII MA Nurul Islam Karangjati Sampang yang tergabung dalam organisasi IPNU-IPPNU sebanyak 32 orang. Pengumpulan data menggunakan metode kuesioner/angket, wawancara, dan dokumentasi. Analisis instrumen meliputi uji validitas dengan rumus Aiken dan uji reliabilitas dengan Cronbach’s Alpha. Analisis menggunakan analisis regresi linier sederhana. Berdasarkan proses analisis, diperoleh kesimpulan bahwa: (1) terdapat hubungan positif dan signifikan antara variabel keaktifan berorganisasi (X) terhadap prestasi belajar PAI (Y) yang ditunjukkan pada data korelasi (r) sebesar 0,816 dengan nilai signifikansi sebesar 0,000. (2) besarnya pengaruh keaktifan berorganisasi terhadap prestasi belajar Pendidikan Agama Islam yang ditunjukkan dari besarnya nilai koefisien determinasi (R Square) sebesar 66, 67%. Adapun sisanya 33,33% prestasi belajar Pendidikan Agama Islam dipengaruhi oleh faktor lain yang tidakdijelaskan pada penelitian ini.