Latar belakang penelitian ini adalah banyaknya perilaku menyimpang yang dilakukan oleh para pelajar, kepribadian mereka kacau dan tidak tersentuh oleh nilai-nilai Islam. Berbagai upaya internalisasi nilai-nilai ajaran Agama Islam dapat dilakukan dengan menjalin hubungan sinergi yang baik oleh berbagai pihak. Penelitian ini bertujuan menganalisis secara kritis tentang pelaksanaan, implementasi, faktor pendukung dan penghambat dan dampak hubungan sinergi antara guru Bimbingan dan Konseling dengan guru Pendidikan Agama Islam dalam upaya internalisasi nilai-nilai ajaran agama Islam pada siswa di SMA Negeri 2 Bantul. Jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan (field research), dengan pendekatan kualitatif. Pengumpulan data dilakukan dengan cara observasi, wawancara dan dokumentasi. Sedangkan analisa data menggunakan model Miles Miles dan Huberman melalui tahap-tahap sebagai berikut: 1) Mereduksi data dengan cara mengumpulkan, merangkum, membuang data yang tidak perlu dan memfokuskan data-data yang sesuai untuk dianalisis. 2) Penyajian data berupa uraian singkat dengan teks yang bersifat naratif. 3) penarikan kesimpulan dan verifikasi. Hasil penelitian menunjukkan: 1 Pelaksanaan Bimbingan dan Konseling dan Pendidikan Agama Islam di SMA Negeri 2 Bantul disesuaikan dengan kurikulum 2013. a) Bimbingan dan Konseling memiliki program-program yang dikelompokkan menjadi dua: 1) bidang layanan: layanan pengembangan kehidupan pribadi, sosial, kemampuan belajar, dan karir. 2) jenis layanan : layanan orientasi, informasi, perorangan, kelompok, konsultasi, dan mediasi. b) Pendidikan Agama Islam dikelompokkan menjadi dua, akademik dan non akademik. Akademik dengan pembelajaran tiga jam di setiap kelas dalam satu minggu. Program non akademik meliputi: pembacaan asmaul husna setiap pagi hari, tadarus Alqur'an, salat jama'ah dzuhur dan jum'at, lomba MTQ serta zakat fitrah dan mall. 2 Implementasi hubungan sinergi terwujud dari berbagai program kegiatan yang meliputi: Kegiatan 5S (senyum, salam, sapa, sopan dan santun), pengajian kelas, PHBI, dan salat jama'ah dzuhur dan jum'at. 3 Faktor pendukung dan penghambat. a) Faktor pendukung ada empat: Perhatian dan dukungan Kepala Sekolah, fasilitas penunjang pembelajaran lengkap, koordinasi yang aktif, serta hubungan sekolah dengan lingkungan masyarakat yang baik. b) Faktor penghambat: Bangunan Masjid kurang luas, kurangnya tenaga guru Pendidikan Agama Islam, serta masih ada siswa yang belum bisa membaca Alqur'an.